Заповедная зона включает следующие участки территории Парка: на западном водоразделе бассейна р.Илекса (Пудожское и Илекское лесничества), на северо-восточном водоразделе, в междуречье рек Пеможа и Сиверка (Илекское лесничество) и в предустьевой части бассейна р.Илекса (Водлозерское лесничество).