Существует серьезная угроза нанесения необратимого ущерба экологической системе водоема в связи с бессистемной застройкой территории, прилегающей к водохранилищу, объектами малоэтажного жилищного строительства (коттеджные поселки, садоводческие кооперативы).
Загрязнение воды Уводьского водохранилища тяжелыми металлами происходит и из-за поступления волжской воды по каналу Волга-Уводь, по которому поступает примерно 50% металлов. Кроме того, некоторые недобросовестные граждане моют автомобили прямо в водохранилище. Используются моторизированные маломерные суда, загрязняющие воду.