| Cephalaspidomorphi (Миноги) |
| Petromyzontiformes (Миногообразные) |
| Petromyzontidae (Миноговые) |
| 1 | Lampetra japonica | Минога сибирская | | 4 | Lethenteron camtschaticum |
| Actinopterygii (Костистые рыбы) |
| Acipenseriformes (Осетрообразные) |
| Acipenseridae (Осетровые) |
| 2 | Acipenser baerii stonorhynobus | Осетр сибирский | Популяция р. Енисей | 1 | Acipenser baerii stonorhynobus |
| 3 | Acipenser baerii baerii | Обский осетр | Бассейн р. Оби, локальная популяция р. Чулым | 0 | Acipenser baerii baerii |
| 1; 4 | Acipenser ruthenus | Стерлядь | Популяция р. Енисей | бассейн р. Оби, локальная популяция р. Чулым | 1 | 2 | Acipenser ruthenus |
| Salmoniformes (Лососеобразные) |
| Salmonidae (Лососевые) |
| 5 | Coreqonus cylindraceum | Валек | Енисейская популяция (локальное стадо р. Абакана) | 1 | Prosopium cylindraceum |
| 6 | Coregonus tugun | Тугун | Енисейская популяция, локальное стадо р. Туба | 2 | Coregonus tugun |
| 7 | Brachymystax lenok | Ленок | Бассейн р. Оби, локальная популяция р. Чулым | 1 | Brachymystax lenok |
| 8 | Stenodus leucichthys nelma | Нельма | Бассейн р. Оби, локальная популяция р. Чулым | 0 | Stenodus leucichthys |
| Amphibia (Амфибии) |
| Anura (Бесхвостые) |
| Bufonidae (Жабы) |
| 1 | Bufo viridis | Зеленая жаба | | 4 | Bufo viridis |
| Caudata |
| Hynobiidae |
| 3 | Salamandrella keyserlingii | Сибирский углозуб | | 4 | Salamandrella keyserlingii |
| Salamandridae (Саламандровые) |
| 2 | Triturus vulgaris | Обыкновенный тритон | | 4 | Lissotriton vulgaris |
| Aves (Птицы) |
| Anseriformes (Гусеобразные) |
| Anatidae (Утиные) |
| 1 | Cygnus bewickii | Малый лебедь | Гыданская и таймырская группировки | 5 | Cygnus columbianus bewickii |
| 2 | Cygnus cygnus | Лебедь-кликун | | 2 | Cygnus cygnus |
| 3 | Cygnopsis cygnoides | Сухонос | | 0 | Anser cygnoides |
| 4 | Anser anser | Серый гусь | | 2 | Anser anser |
| 5 | Anser erythropus | Пискулька | | 2 | Anser erythropus |
| 6 | Anser fabalis middendorffii | Таёжный гуменник | Саянская группировка | 2 | Anser fabalis middendorffii |
| 7 | Eulabeia indica | Горный гусь | | 7 | Anser indicus |
| 8 | Rufibrenta ruficollis | Краснозобая казарка | | 4 | Branta ruficollis |
| 9 | Anas falcata | Касатка | | 4 | Anas falcata |
| 10 | Tadorna tadorna | Пеганка | | 3 | Tadorna tadorna |
| 11 | Melanitta deglandi | Горбоносый турпан | Степная популяция | 3 | Melanitta deglandi |
| Apodiformes (Стрижеобразные) |
| Apodidae (Стрижи) |
| 69 | Hirundapus caudacutus | Иглохвостый стриж | | 3 | Hirundapus caudacutus |
| Charadriiformes (Ржанкообразные) |
| Haematopodidae (Кулики-сороки) |
| 18 | Haematopus ostralegus | Кулик-сорока | | 1 | Haematopus ostralegus |
| Laridae (Чайковые) |
| 38 | Larus ichtyaetus | Черноголовый хохотун | | 3 | Ichthyaetus ichthyaetus |
| 39 | Larus minutus | Малая чайка | | 3 | Hydrocoloeus minutus |
| 40 | Chlidonias leucopterus | Белокрылая крачка | | 3 | Chlidonias leucopterus |
| 41 | Chlidonias niger | Черная крачка | | 4 | Chlidonias niger |
| Charadriidae (Ржанковые) |
| 19 | Charadrius alexandrinus | Морской зуек | | 3 | Charadrius alexandrinus |
| 27 | Eudromias morinellus | Хрустан | | 4 | Charadrius morinellus |
| Recurvirostridae (Шилоклювковые) |
| 31 | Recurvirostra avosetta | Шилоклювка | | 5 | Recurvirostra avosetta |
| Scolopacidae (Бекасовые) |
| 20 | Heteroscelus brevipes | Сибирский пепельный улит | | 3 | Tringa brevipes |
| 21 | Calidris ruficollis | Песочник-красношейка | | 3 | Calidris ruficollis |
| 22 | Calidris subminuta | Длиннопалый песочник | | 3 | Calidris subminuta |
| 23 | Calidris alba | Песчанка | | 3 | Calidris alba |
| 24 | Limicola falcinellus | Грязовик | | 3 | Limicola falcinellus |
| 25 | Numenius arquata | Большой кроншнеп | | 3 | Numenius arquata |
| 26 | Limosa limosa | Большой веретенник | | 3 | Limosa limosa |
| 28 | Gallinago solitaria | Горный дупель (бекас-отшельник) | | 4 | Gallinago solitaria |
| 29 | Gallinago media | Дупель | | 4 | Gallinago media |
| 30 | Limnodromus semipalmatus | Азиатский бекасовидный веретенник | | 4 | Limnodromus semipalmatus |
| Ciconiiformes (Аистообразные) |
| Ciconiidae (Аистовые) |
| 17 | Ciconia nigra | Черный аист | | 3 | Ciconia nigra |
| Ardeidae (Цаплевые) |
| 36 | Botaurus stellaris | Большая выпь | | 3 | Botaurus stellaris |
| 37 | Lxobrychus minutus | Малая выпь | | 4 | Ixobrychus minutus |
| Threskiornithidae (Ибисовые) |
| 16 | Platalea leucorodia | Колпица | | 1 | Platalea leucorodia |
| Falconiformes (Соколообразные) |
| Accipitridae (Ястребиные) |
| 47 | Pandion haliaetus | Скопа | | 3 | Pandion haliaetus |
| 48 | Circus macrourus | Степной лунь | | 3 | Circus macrourus |
| 49 | Circus pygargus | Луговой лунь | | 3 | Circus pygargus |
| 50 | Hieraaetus pennatus | Орел-карлик | | 3 | Hieraaetus pennatus |
| 51 | Aquila clanga | Большой подорлик | | 3 | Aquila clanga |
| 52 | Aquila heliaca | Могильник | | 3 | Aquila heliaca |
| 53 | Aquila chrysaetos | Беркут | | 3 | Aquila chrysaetos |
| 54 | Gypaetus barbatus | Бородач | | 7 | Gypaetus barbatus |
| 55 | Aegypius monachus | Черный гриф | | 7 | Aegypius monachus |
| 56 | Buteo hemilasius | Мохноногий курганник | | 4 | Buteo hemilasius |
| 57 | Aquila rapax | Степной орел | | 4 | Aquila rapax |
| 58 | Haliaeetus albicilla | Орлан белохвост | | 4 | Haliaeetus albicilla |
| 65 | Pernis ptilorhynchus | Хохлатый осоед | | 4 | Pernis ptilorhynchus |
| Falconidae (Соколиные) |
| 59 | Falco cherrug | Балобан | | 4 | Falco cherrug |
| 60 | Falco peregrinus | Сапсан | | 4 | Falco peregrinus |
| 61 | Aesalon columbarius | Дербник | | 4 | Falco columbarius |
| 62 | Falco rusticolus | Кречет | | 3 | Falco rusticolus |
| 63 | Falco vespertinus | Кобчик | | 3 | Falco vespertinus |
| 64 | Falco naumanni | Степная пустельга | | 3 | Falco naumanni |
| Galliformes (Курообразные) |
| Phasianidae (Фазановые) |
| 46 | Tetraogallus altaicus | Алтайский улар | | 3 | Tetraogallus altaicus |
| Gaviiformes (Гагарообразные) |
| Gaviidae (Гагаровые) |
| 34 | Gavia arctica | Чернозобая гагара | | 3 | Gavia arctica |
| Gruiformes (Журавлеобразные) |
| Gruidae (Журавлиные) |
| 12 | Anthropoides virgo | Красавка | | 5 | Anthropoides virgo |
| 13 | Grus monacha | Черный журавль | | 2 | Grus monacha |
| 14 | Grus grus | Серый журавль | | 4 | Grus grus |
| Otididae (Дрофиные) |
| 45 | Otis tarda | Дрофа | | 0 | Otis tarda |
| Rallidae (Пастушковые) |
| 42 | Porzana pusilla | Погоныш-крошка | | 3 | Porzana pusilla |
| 43 | Rallus aquaticus | Пастушок | | 4 | Rallus aquaticus |
| 44 | Crex crex | Коростель | | 4 | Crex crex |
| 78 | Gallinula chloropus | Камышница | | 6 | Gallinula chloropus |
| Passeriformes (Воробьинообразные) |
| Remizidae (Ремезовые) |
| 71 | Remiz pendulinus | Обыкновенный ремез | | 3 | Remiz pendulinus |
| Emberizidae (Овсянковые) |
| 77 | Emberiza pallasi pallasi | Полярная южная овсянка | | 4 | Emberiza pallasi pallasi |
| Laniidae (Сорокопутовые) |
| 68 | Lanius excubitor | Серый сорокопут | | 3 | Lanius excubitor |
| Muscicapidae (Мухоловковые) |
| 70 | Phoenicurus erythrogaster | Краснобрюхая горихвостка | | 3 | Phoenicurus erythrogastrus |
| 74 | Phoenicurus auroreus | Сибирская горихвостка | | 4 | Phoenicurus auroreus |
| Timaliidae (Тимелиевые) |
| 72 | Panurus biarmicus | Усатая синица | | 3 | Panurus biarmicus |
| Prunellidae (Завирушковые) |
| 73 | Prunella collaris | Альпийская завирушка | | 4 | Prunella collaris |
| 75 | Prunella atrogularis | Черногорлая завирушка | | 4 | Prunella atrogularis |
| Sylviidae (Славковые) |
| 76 | Bradypterus taczanowskius | Сибирская пестрогрудка | | 4 | Bradypterus tacsanowskius |
| Phoenicopteriformes (Фламингообразные) |
| Phoenicopteridae (Фламинговые) |
| 15 | Phoenicopterus roseus | Обыкновенный фламинго | | 7 | Phoenicopterus roseus |
| Podicipediformes (Поганкообразные) |
| Podicipedidae (Поганковые) |
| 32 | Podiceps ruficollis | Малая поганка | | 3 | Tachybaptus ruficollis |
| 33 | Podiceps nigricollis | Черношейная поганка | | 3 | Podiceps nigricollis |
| 35 | Podiceps auritus | Красношейная поганка | | 3 | Podiceps auritus |
| Strigiformes (Совообразные) |
| Strigidae (Настоящие совы) |
| 66 | Bubo bubo | Филин | | 3 | Bubo bubo |
| 67 | Glaucidium passerinum | Воробьиный сыч (сычик) | | 4 | Glaucidium passerinum |
| Columbiformes (Голубеобразные) |
| Columbidae (Голубиные) |
| 79 | Columba palumbus | Вяхирь | | 6 | Columba palumbus |
| Mammalia (Млекопитающие) |
| Artiodactyla (Парнопалые) |
| Bovidae |
| 4 | Ovis ammon | Архар | | 1 | Ovis ammon |
| 6 | Capra sibirica | Козёл сибирский | | 3 | Capra sibirica |
| Moschidae (Кабарговые) |
| 7 | Moschus moschiferas | Кабарга | | 3 | Moschus moschiferus |
| Cervidae (Оленьи) |
| 5 | Rangifer tarandus valentinae | Сибирский лесной северный олень | Группировки саянская и кузнецкая | 2 | Rangifer tarandus valentinae |
| Carnivora (Хищные) |
| Canidae (Псовые) |
| 1 | Cuon alpinus | Красный волк | | 0 | Cuon alpinus |
| Felidae (Кошачьи) |
| 2 | Uncia uncia | Ирбис, снежный барс | | 1 | Uncia uncia |
| 3 | Felis manul | Манул, палласов кот | | 0 | Felis manul |
| Mustelidae (Куньи) |
| 8 | Lutra lutra | Речная выдра | | 3 | Lutra lutra |
| Chiroptera (Рукокрылые) |
| Vespertilionidae (Гладконосые (обыкновенные) летучие мыши) |
| 11 | Plecotus auritus | Бурый ушан | | 3 | Plecotus auritus |
| 12 | Murina leucogaster | Трубконос сибирский | | 3 | Murina leucogaster |
| 13 | Myotis daubentoni | Водяная ночница | | 4 | Myotis daubentonii |
| 14 | Myotis dasycneme | Ночница прудовая | | 4 | Myotis dasycneme |
| 15 | Vespertilio murinus | Кожан двухцветный | | 4 | Vespertilio murinus |
| 16 | Myotis frater | Ночница длиннохвостая | | 4 | Myotis frater |
| Rodentia (Грызуны) |
| Castoridae (Бобровые) |
| 9 | Castor fiber tuvinicus | Бобр тувинский | | 0 | Castor fiber tuvinicus |
| Sciuridae (Беличьи) |
| 10 | Spermophilus erythrogenys | Суслик краснощёкий | | 3 | Spermophilus erythrogenys |
| Reptilia (Рептилии) |
| Squamata (Чешуйчатые) |
| Colubridae (Ужовые) |
| 1 | Natrix natrix | Обыкновенный уж | | 4 | Natrix natrix |
| 2 | Elaphe dione | Узорчатый полоз | | 4 | Elaphe dione |
| Viperidae (Гадюковые) |
| 3 | Agkistrodon halys | Щитомордник обыкновенный | | 4 | Gloydius ussuriensis |
Все ООПТ
